El origen histórico de Zenarruza suele situarse entre los siglos IX y X. De esta etapa antigua se ha recuperado un sillar prerrománico con un motivo astral en bajorrelieve y algunas cubiertas sepulcrales horadadas, relacionadas con las «necrópolis del Oiz». A mediados del XII se construyó otra iglesia de una sola nave, dividida en dos tramos a juzgar por los cimientos conservados. Las imágenes de la derecha muestran la ruina que hoy hace de campanario con su arco ojival, un resto de arco tipo románico y otros restos de construcciones. Lo más antiguo es el muro con una puerta ojival abajo y una ventana geminada en la parte superior, del siglo XII, que actualmente es pared interior de la sacristía.

     En su entorno continuó usándose el cementerio, pero algunos personajes reservaron sepultura en el interior de la iglesia en tumbas de lajas o en sepulcros exentos ornamentados con motivos de tradición franca, de los que se conserva uno en el claustro. 

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         El dato base nos lo cuentan unos cartularios que se encuentran en San Millán de la Cogolla. Recogen estos documentos que el día 15 de agosto del año 968, fiesta de la Asunción, las gentes de los barrios del termino de Gerrikaitz se encontraban celebrando la misa en la parroquia de Santa Lucía, cuando un águila coronada hizo acto de presencia volando muy baja hasta lanzarse al osario del cementerio y coger con sus garras una calavera con la que alzó el vuelo. Todos siguieron su trayectoria, impresionados por la súbita aparición hasta que llegada a la ladera de enfrente. la de Zenarruza, la calavera se desprendió de sus patas, cayendo en un lugar espeso, abundante en yezgos, mientras el ave seguía su vuelo. 

            El acontecimiento no era extraordinario pero la fuerza emotiva del momento hizo que todos manifestasen su convicción de que era la señal de que en esa ladera debían levantar una ermita en honor de la Virgen.

           Es así como cómo del siglo X al XIV, Zenarruza va a experimentar su proceso de desarrollo. Los pobladores del lugar no erigieron una ermita sino la nueva parroquia, bajo la advocación de la Asunción. Así apareció un pequeño núcleo habitado, que se convirtió en el centro sociorreligioso, que convertirá a Zenarruza en anteiglesia. Pero este primer acontecimiento marcó el lugar y lo convirtió en núcleo, no sólo de sus habitantes, muchos fueron quienes de todos los alrededores manifestaron su deseo de ser enterrados en el lugar, como garantía de salvación. Es así como Zenarruza se convirtió en un lugar deseado y buscado.

            Pero lo especial del enclave hizo que también bodas, bautizos, fiestas sociales, se multiplicasen en él, y que las familias nobles lo asumieran como enclave, de alguna manera propio.